يتكون المؤتمر العام من وزراء التربية والتعليم في الدول الأعضاء ( دولة الإمارات العربية المتحدة، مملكة البحرين، الجمهورية اليمنية، دولة الكويت، المملكة العربية السعودية، سلطنة عمان، دولة قطر )، وتكون رئاسة دورات المؤتمر العام، ومكان عقده وفق الترتيب الأبجدي لأسماء دوله، ويعقد دورة عادية مرة كل سنتين.ويقوم بوضع السياسات العامة لعمل المكتب، واتخاذ القرارات المناسبة، لتمكينه من أداء مهامه، ويصدر التوجيهات والقرارات، التي يراها مناسبة في كل ما يعرض عليه من شئون العمل الخليجي التربوي المشترك،ويتولى مسئولية تعيين المدير العام للمكتب، بناء على ترشيح من المجلس التنفيذي. كماويعقد المؤتمر العام اجتماعاً تشاورياً في السنة التي لا يعقد فيها المؤتمر العام،ويعتمد مشروع موازنة المكتب، وخطة عمله، بعد إعدادهما من الإدارة العامة، وإقرارهما من المجلس التنفيذي.